A repülés kényelmes és gyors utazási forma, ám a fedélzeten néhány higiéniai kérdés könnyen aggodalmat kelthet. A kávé és a tea elkészítéséhez általában nem palackozott vizet, hanem a repülőgép fedélzeti vízrendszerében lévő vizet használják, miközben az étkezőtálcák és más gyakran érintett felületek tisztasága sem mindig megnyugtató.
A repülőgépek víztartályait és csöveit tisztítják, de a rendelkezésre álló információk szerint nem olyan gyakran, mint szükséges lenne. Emiatt a fedélzeti csapból származó vízben akár E. coli baktérium is jelen lehet, ami emésztési panaszokat okozhat.
A fedélzeti kávéfőzőkben a víz hőmérséklete biztonsági és technikai korlátok miatt nem éri el a 100 Celsius-fokot. Ez a hőmérséklet megfelelő lehet a zöld tea elkészítéséhez, de nem feltétlenül elegendő a vízben lévő nemkívánatos kórokozók eltávolításához. Hasonló kérdés merülhet fel a jégkockákkal kapcsolatban is, mivel nem minden esetben állapítható meg, hogy higiénikusan tiszta vízből készültek-e.
A fedélzeten a palackozott víz és az eredeti csomagolásban kínált dobozos gyümölcslé jelentheti a megfontoltabb választást. A csomagolás letörlése felnyitás előtt szintén hasznos óvatosság, hiszen nem ismert, hogy korábban ki érintette meg.
Sokan a repülőgép mosdóját tartják a legszennyezettebb helynek, különösen a fapados járatokon azonban a fordulók közötti takarítási idő rövidsége más felületeket is problémássá tehet. A takarítócsapatnak gyakran csak a szemét összegyűjtésére és a zsákok cseréjére van ideje, az alapos fertőtlenítésre pedig nem mindig jut elegendő idő.
A gyakran érintett felületek közül az összecsukható asztalok különösen sok szennyeződéssel találkozhatnak. Az utasok ezeken helyezik el az ételeiket, italaikat és olykor a használt zsebkendőiket is. Az ülések zsebei szintén nehezen tisztíthatók: előfordulhat, hogy használt pelenka, rágógumi vagy almamag kerül beléjük. A nem frissen kicsomagolt takarók használata ugyancsak kellemetlen bizonytalanságot okozhat.
A laminált biztonsági kártyák, a biztonsági övek csatjai és a fedélzeti szórakoztatórendszer érintőképernyői sok ember kezén megfordulnak. Ezeket a felületeket nem minden esetben törlik le higiénikusan, ezért a rendszeres kézfertőtlenítés indokolt lehet.
A párnázott ülések tisztasága sem minden esetben ellenőrizhető teljes bizonyossággal. Emiatt a tapasztalt utazók közül többen hosszú nadrágot viselnek a fedélzeten, hogy csökkentsék a bőrrel való közvetlen érintkezést.
Néhány egyszerű óvintézkedés nyugodtabbá teheti az utazást. Alkoholalapú fertőtlenítő kendővel érdemes áttörölni a lehajtható asztalt, a kartámaszokat és a biztonsági öv csatját az ülés elfoglalása után. A kézfertőtlenítés különösen a mosdó használatát követően fontos, miközben a jég nélküli, palackozott italok és az ülés zsebének kerülése szintén mérsékelheti a kellemetlen higiéniai kockázatokat.